按照北京清华医院整体建筑规划，北京清华医院一期工程包括医院门急诊及病房楼、行政及动力中心楼、综合楼三部分。日前综合楼竣工落成，计划于2012年8月1日正式投入使用。

北京清华医院综合楼位于院区南部，总建筑面积28789平方米，分为地上11层和地下2层，由澳门新葡游戏网设计院设计。其中首层为健检中心，2层为教学科研用房，3层以上为员工宿舍，地下1层为临时行政办公区，地下2层为地下停车场。内部装修精良，配套设施齐全。