2009年8月医院建设指挥部与长庚驻京援建团队建立联合管理机制，下设管理组、护理医技组、资讯组、资材组、总务组、项目组、工程处、工务处8个职能部门。

  联合筹备处在台湾长庚的大力支持下，因应医院建设的实际情况，制定了“北京清华医院筹备工作计划”，从工程建设、人员招募及教育训练、规章制度及作业规范、营运准备等十八个方面对医院正式运营前需做的二百余大项工作进行了详细的规划和排程，为医院各项筹备工作的有序推进奠定了基础。 经过4个多月的磨合，目前指挥部各职能部门已基本实现了按照长庚管理模式运行，确保各项筹建工作的有效推进。

  自2010年9月起，结合北京地区的法规要求，比对长庚管理制度和作业规范，北京清华医院管理组开展医院相关管理制度修订工作。涉及人事、医政、医事、总务、资材及资讯类规章、作业规范、办事细则等200余项。截至目前，经各部门修订的规章近百份，经主管签准的规章60余份。在规章修订过程中，修订部门人员定期向北京地区业内资深专家进行咨询，并得到台湾长庚纪念医院行政中心的大力支持。规章的修订在制度上保障了医院未来的管理模式。